آیت الله مهدوی کنی پیش از انقلاب امامت جماعت مسجد جلیلی را بر عهده داشت که این مسجد یکی از کانونهای اصلی انقلاب اسلامی مردم ایران بود.
مسجد جلیلی به عنوان کانون جذب جوانان مومن و انقلابی با سخنرانی های آیت الله طالقانی، استاد شهید مرتضی مطهری و شهید محلاتی در اسناد ساواک نقش برجسته ای دارد.
آیت الله مهدوی کنی پس از تاسیس دانشگاه امام صادق علیه السلام در مسجد دانشگاه به اقامه نماز جماعت می پرداخت که این مسجد نیز یکی از کانون های اصلی شهر تهران در ایام ماه مبارک رمضان، لیالی قدر و مناسبت های مذهبی بود.
در مهر ماه ۱۳۶۸ مقام معظم رهبری طی حکمی آيةالله مهدوي كني را به سمت مسؤول مركز رسيدگي به امر مساجد جهت حفظ قداست مساجد به عنوان اصلي ترين پايگاه دين و معنويت و اخلاق و تقويت هماهنگ جبهه هاي معنوي و انقلابي و تعليم و تبليغ در مساجد منصوب كردند.
متن حکم مقام معظم رهبری به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحيم
آيةالله جناب آقاي مهدوي كني دامت بركاته
مراجعات متعدد از سوي مرتبطين با مساجد تهران منجمله ائمه جماعت، گروه هاي بسيج، متوليان و متصديان و غير هم حاكي از فقدان مركز و مرجع مقبول و آگاه و نافذالكلمه اي در امر مساجد يعني اصلي ترين پايگاه دين و معنويت و اخلاق است. شك نيست كه حفظ قداست مساجد و تقويت هماهنگ جنبه هاي معنوي و انقلابي و تعليمي و تبليغي آن نيازمند سلامت و امنيت محيط آن و دور ماندن از منازعات و مناقشات داخلي در آن است. لذا شايسته است جنابعالي كه بحمدالله برخوردار از وجاهت و قبول و حرمت در نزد حضرات آقايان ائمه جماعت مساجد شهر تهران مي باشيد با تعيين مركزي و نمايندگاني به مهمه ي مساجد پرداخته و در موارد لازم با كمك و حمايت از برنامه هاي اسلامي در مساجد و يا لدي الاقتضاء با نصب امام جماعت و ديگر مسؤولين مربوط به مساجد، به رونق و كارآئي و شكوفائي هر چه بيشتر اين پايگاه هاي انقلاب و اسلام كمك نمائيد.
توفيق متزايد جنابعالي را از خداوند متعال مسئلت مي كنم.
والسلام عليكم و رحمةالله
در این مراسم حجت الاسلام روحانی در سخنان خود با تقدیر از
آیت‌الله مهدوی کنی و اقدامات ایشان نسبت به ساماندهی مساجد در کشور، گفت:
آیت‌الله مهدوی کنی از بزرگان پر افتخار روحانیت ایران به ویژه تهران بودند
و همواره نقش برجسته‌ای در ساماندهی امور روحانیت و ساماندهی مساجد و
مدارس دینی به ویژه در دوران نهضت اسلامی داشتند.
رییس جمهور با اشاره به تجلیل از بیت آیت الله مهدوی کنی در اجلاس امروز به بیان خصوصیات شخصی این مرحوم پرداخت و گفت: آیت الله مهدوی کنی را من از سال 1353 که در مسجد محل ایشان به سخنرانی می پرداختم، می شناسم و همان سال این سخنرانی ها منجر به فرار من و دستگیری ایشان شد.
روحانی یادآور شد: آیت الله مهدوی کنی همواره نامش در صدر نام سرداران اسلامی است.
در ادامه حجت الاسلام حاجی علی اکبری با اشاره به توجه ویژه مرحوم آیت الله مهدوی کنی به جایگاه مساجد، خاطرنشان کرد: ایشان با اخلاق، علم، سیاست و حضور در مسجد و دانشگاه جمع سالم و زیبایی را ایجاد کرد. این شخصیت ممتاز و بی بدیل امین و یاور رهبر انقلاب بودند و مسجد را خانه واقعی مردم می دانستند. ایشان به عنوان یاور مساجد و مسجدساز قدر مساجد را می دانستند و در طراحی و تاسیس مرکز رسیدگی به امور مساجد سهم خاصی داشتند که امید است در سراسر کشور ائمه جمعه نیز سهم خاصی برای ایجاد مرکز رسیدگی به امور مساجد در استان ها اختصاص دهند.
در این مراسم همسر آیت الله مهدوی کنی، حجت الاسلام دکتر محمد سعید مهدوی کنی، حجت الاسلام میرلوحی و شماری از اعضای خانواده آن مرحوم از دیگر حاضران در این مراسم بودند.
