بعد از قتل عثمان که ۱۲ سال حکومت کرده بود، مساله تعیین خلیفه مسلمین بار دیگر میان مردم مدینه و البته سایر سرزمین‌های اسلامی پررنگ می‌شود. همه مردم به این نتیجه می‌رسند که کسی شایسته‌تر از علی بن ابیطالب برای خلافت مسلمین نیست، به همین دلیل جمعیت زیادی بر در خانه حضرت علی (ع) جمع می‌شوند و خواسته خود را فریادزنان اعلام می‌کنند. حضرت علی در ابتدا با خواسته مردم مخالفت می‌کنند؛ چراکه به خوبی می‌دانستند جامعه اسلامی آن‌قدر گرفتار اشرافی‌گری و ازهم‌گسیختگی در ۲۵ سال گذشته شده است که به‌راحتی نمی‌توان آن را اصلاح کرد.
ایشان به همین دلیل از پذیرفتن خلافت امتناع می‌کردند؛ منتها جمعیت مشتاق مسلمانان بر خواسته خود بیشتر از قبل پافشاری می‌کردند و در اینجا بود که حضرت علی (ع) خلافت را پذیرفتند و بعدها علت این پذیرش را این‌گونه بیان کردند" اگر حجت به سبب حضور حاضران بر من تمام نمی‌شد افسار شتر خلافت را بر پشت آن می‌انداختم". همچنین در جایی دیگر فرمودند" سیل جمعیت مشتاق طوری بود که حسن و حسین بارها زیر و دست‌وپا ماندند."
با به خلافت رسیدن حضرت علی(ع) در سال ۳۵ هجری، حضرت با یک مشکل اساسی در شام روبه‌رو بود و آن حضور معاویه در آنجا و نپذیرفتن حکومت ایشان از سوی او بود. منتها در همان چند ماه اول حکومت این معاویه نبود که مشکل‌سازی کرد بلکه بسیاری از خودی‌ها که در مراسم بیعت مردم با امام حاضر بودند به دلیل عدالت مثال‌زدنی ایشان، در همان سال اول بر خلیفه خود خروج کردند و فتنه جمل را برپا داشتند. طلحه و زبیر بر گرد " عایشه" همسر پیامبر گرد آمدند و او را به شورش و تحریک مردم علیه امام علی "(ع") تهییج کردند. طلحه و زبیر به دنبال شورا و برگزیدن یک خلیفه دیگر به جای امام بودند.
فتنه‌گران در سال ۳۶ هجری جنگ جمل را به راه انداختند و شورشیان به رهبری طلحه و زبیر و البته هدایت عایشه بر حکومت نوپای علی (ع) شوریدند. جالب است که بهانه آنان برای آغاز جنگ خونخواهی عثمان بود. عایشه بر شتری سرخ مو سوار بود و به نوعی رکن اصلی سپاه شورشیان را تشکیل می‌داد. امام علی (ع) در ابتدا شورشیان را از جنگ بر حذر داشتند و به آن‌ها گفتند که از جنگ بپرهیزند چراکه خداوند شروع‌کنندگان جنگ را دوست ندارد. این نصایح اثری نکرد و جنگ در گرفت که در همان مراحل ابتدایی بسیاری از شورشیان توسط سپاه امام تار و مار شدند، اما یک عده محدودی به شدت دور همان شتر سرخ مو پایداری می‌کردند. امام دستور دادند که برای در هم شکستن مقاومت آن‌ها ابتدا آن شتر را که عایشه بر آن سوار بود از پای درآورند که امام حسن (ع) این کار را انجام داد و در نتیجه جنگ به سود سپاهیان امام به پایان رسید. طلحه و زبیر نیز در این جنگ کشته شدند. عایشه که به اسارت در آمده بود با احترام تمام به دستور امام علی(ع) به شهر خود بازگردانده شد. شورشیان جنگ جمل در تاریخ به "ناکثین" مشهور شدند، یعنی کسانی که پیمان می‌شکنند.
بعد از جنگ جمل فتنه معاویه بروز کرد. امام برای آنکه درس خوبی به معاویه دهد، تصمیم به جمع‌آوری سپاه گرفت. در اول صفر ۳۷ هجری قمری نبردی سنگین میان علی بن ابیطالب و معاویه که در شام ادعای خلافت کرده بود، در محلی به نام "صفین" که در ناحیه غربی عراق میان بالس و رقه است، رخ داد. در آغاز خلافت، علی (ع) معاویه را از کارگزاری شام، معزول و" سهل بن حنیف" را جانشین وی کرد. معاویه نپذیرفت و شام را زیر فرمان خود گرفت. پس از پایان جنگ جمل، علی، حریر بن عبدالله را به شام فرستاد تا از معاویه بیعت بگیرد. معاویه نیز به خونخواهی عثمان لشکری برای جنگ با علی آماده کرد. علی هم از کوفه عازم جنگ شد و در صفین جنگ سختی میان سپاه شام و عراق درگرفت. این نبرد بیش از ۱۰۰ روز طول کشید. پس از چند روز نبرد، سپاه علی در شرف پیروزی بود که با پیشنهاد عمروعاص، سپاه معاویه قرآن‌ها را بر سر نیزه کردند. با دیدن این صحنه گروهی از سپاه عراق جنگ را ترک کردند. کسانی که جنگ صفین را برپا کردند که همان اهالی شام هستند در تاریخ به قاسطین (ظالمان) مشهور شدند.
علی(ع)، مالک اشتر و یا عبدالله بن عباس را برای نمایندگی و حکمیت انتخاب کرد؛ اما گروهی که جنگ را ترک کرده بودند، نپذیرفتند و ابوموسی اشعری را برگزیدند؛ بنابراین تعیین خلیفه به حکمیت میان عمروعاص و ابوموسی اشعری سپرده شد، لکن خلافت به معاویه سپرده و علی از آن عزل شد. علی (ع) نتیجه حکمیت را نپذیرفتند چراکه اعتقاد داشتند بر اساس حکم قرآن و سنت پیامبر عمل نشده است. در این میان همان کسانی که امام را وادار به ترک جنگ با معاویه کرده بودند و حکمیت را نیز بر او تحمیل کردند، این بار حضرت علی را در ماجرای حکمیت مقصر شناختند و او را کافر لقب دادند. اینان همان کسانی بودند که در تاریخ به خوارج مشهور شدند. این دسته که نزدیک به ۱۰ هزار نفر بودند از حکومت علی خروج کردند و در بیرون کوفه برای خود اردوگاهی ساختند. برخورد امام با آن‌ها در ابتدا بسیار نرم بود. علی (ع) دستور دادند تا زمانی که این عده دست به شمشیر نبرند و عقاید خود را بیان کنند در کمال آزادی می‌توانند در جامعه اسلامی زندگی کنند.
خوارج در اردوگاهشان برای خود رهبری به نام "ابن وهب" برگزیدند و عهد کردند که تا زنده هستند با علی و معاویه بجنگند. کم کم این گروه عرصه را بر بی‌گناهان تنگ کردند و برای مثال جلوی مسافران در راه می‌گرفتند و از آن‌ها می‌پرسیدند که آیا دوستدار علی هستند؟ اگر کسی جواب مثبت می‌داد بی‌درنگ کشته می‌شد. نمونه این امر، ماجرای "ابن خباب" و همسر باردارش بود که به همین دلیل وحشیانه توسط خوارج کشته شدند. همسر باردار ابن خباب را شکم دریدند و جنینش را بر سر نیزه کردند.
خبر این جنایت که به علی (ع) رسید پیکی را به سوی خوارج فرستاد تا علت کار آن‌ها را جویا شود که پیک علی را نیز کشتند. بعد از این ماجرا برای امام مسجل شد که خوارج نمی‌خواهند سر عقل بیایند و دیگر کار را به جایی رساندند که حتی به زن حامله هم رحم نمی‌کنند.
امام که قصد داشتند برای جنگ با معاویه به سوی شام حرکت کنند در این برهه از زمان تصمیم گرفتند در ابتدا غائله خوارج را به پایان برسانند. به همین دلیل به سوی اردوگاه آنان حرکت کردند. در ابتدا از در نصیحت با خوارج وارد شدند و آنان را به سوی خود و پرهیز از جنگ دعوت کردند که این نصایح باعث شد ۵ هزار نفر از خوارج از اردوگاه آنان خارج شوند و تنها ۴ هزار نفر از آنان بر جنگ اصرار ورزیدند. امام علی (ع) سرنوشت جنگ را پیش بینی کردند و فرمودند "به خدا قسم از خوارج بیش از ۱۰ نفر نجات نمی‌یابند و از سپاه ما هم بیشتر از ۱۰ نفر کشته نمی‌شود". جنگ نهروان در سال ۳۹ هجری رخ داد و همان گونه که امام پیش‌بینی کرده بودند جنگ به پایان رسید. خوارج در تاریخ به "مارقین" (خارج شدگان از دین) شهرت پیدا کردند.
از خوارج ۹ نفر از مهلکه نهروان گریختند. در این زمان بود که ۳ نفر از آنان هم قسم شدند که به طور هم زمان در شب قدر معاویه، عمروعاص و علی(ع) را بکشند. "ابن ملجم مرادی" برای انجام تصمیم خود به کوفه آمد، اما برای انجام مقصود خود مردد شد. سرانجام تصمیم گرفت در مسجد کوفه در هنگام نماز صبح مقصود شوم خود را عملی کند. ابن ملجم در سحرگاه ۱۹ رمضان سال ۴۰ هجری در حالی که شمشیر زهرآگین خود را زیر لباس بلندش پنهان کرده بود داخل مسجد شد و کناری نشست. حضرت علی (ع) وارد مسجد شدند و در حال رفتن به سوی محراب نماز بودند که ناگهان ابن ملجم در حالی که ترس زیادی داشت شمشیر خود را بیرون کشید و بر فرق امام فرود آورد. در این هنگام ابن ملجم پا به فرار گذاشت و امام در حالی که خون زیادی از سر مبارکشان می‌رفت با کمک مردم به خانه برده شدند. ابن ملجم نیز خیلی زود دستگیر شد.
فورا دنبال طبیب فرستادند، طبیب بالای سر آن حضرت حاضر شد و چون زخم را مشاهده کرد به معاینه پرداخت ولی با کمال تأسف اعلام کرد که این زخم قابل علاج نیست زیرا شمشیر زهرآلود بوده و به مغز صدمه رسانیده و امید بهبودی نمی‌رود.
علی (ع) از شنیدن سخن طبیب برخلاف سایر مردم که از مرگ می‌هراسند نهراسید و با کمال بردباری به حسن و حسین وصیت فرمود. امام علی (ع) بارها فرموده بودند "برای مرگ مشتاق‌تر از طفل برای پستان مادر است."
سرانجام در صبح روز ۲۱ رمضان سال ۴۰ هجری حضرت علی (ع) به شهادت رسیدند. مدت امامت ایشان چهار سال و ۹ ماه بود و در هنگام شهادت ۶۳ سال داشتند. کل دارایی امام که خلیفه مسلمین بودند بیشتر از ۷۰۰ درهم نبود که طبق وصیت ایشان همین دارایی اندک میان مستمندان تقسیم شد.
امام علی (ع) در سحرگاه نوزدهم رمضان در اثر ضربت شمشیر یکی از خوارج مجروح و پس از دو روز به شهادت رسیدند.
به گزارش خبرگزاری دانا، ۲۵ سال از رحلت رسول اکرم (ص) می‌گذرد و در طول این سال‌ها جامعه مسلمانان دچار انحرافات زیادی شده است. سال ۳۵ هجری است که عثمان بن عفان، خلیفه سوم توسط شورشیانی که از حکومت او ناراضی هستند به قتل می‌رسد. در این ماجرا خانه عثمان چند روز در محاصره شورشیان بود به طوری که نمی‌گذاشتند هیچ آب و غذایی به اهالی خانه عثمان برسد. در این زمان حضرت علی (ع) با مشقت فراوان آب و غذا به خانه عثمان می‌رساندند و حتی در روز قتل عثمان، ایشان تلاش بسیاری کردند که شورشیان را از هجوم به خانه عثمان منصرف کنند، ولی در نهایت موفق نشدند و عثمان به قتل رسید.
