آزمایشگاه ملی نقشه برداری مغز زیر مجموعه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری است که با همکاری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و با بهره گیری از امکانات و نیروهای متخصص و به صورت کنسرسیومی از دانشگاه ها و موسسات پژوهشی و فناوری مرتبط با مطالعات علوم و فناوری های شناختی و بر اساس مجوز شورای گسترش آموزش عالی ایجاد شده و میزبانی آن را یکی از اعضای کنسرسیوم برعهده خواهد داشت.
اساسنامه این آزمایشگاه در جلسه مشترک وزرای علوم و بهداشت، معاونت علمی فناوری ریاست جمهوری و دبیر ستاد توسعه علوم و فناوری های شناختی و با حضور معاونین پژوهشی، آموزشی وزارت بهداشت و مدیر گروه پژوهش ستاد علوم شناختی مورد بررسی و تایید قرار گرفت و توسط شورای گسترش وزارت علوم ابلاغ شد.
این آزمایشگاه ملی بصورت هیئت امنایی اداره خواهد شد که وزرای علوم و بهداشت و معاونان پژوهشی و فناوری این دو وزارتخانه، دبیر ستاد علوم شناختی و معاون توسعه فناوری ریاست جمهوری از اعضاء آن هستند و دانشگاهها و مراکز تحقیقاتی فعال کشور در زمینه علوم و فناوری های شناختی از امکانات و خدمات پژوهشی آن استفاده خواهند کرد.
تجهیزات این آزمایشگاه برای پیشبرد اهداف پژوهشی و توسعه فناوری در زمینه نقشه برداری مغز بکار گرفته خواهد شد. در این جلسه دانشگاه تهران به عنوان میزبان آزمایشگاه انتخاب شد.
از سال گذشته، یک کمیته علمی متشکل از اساتید برجسته دانشگاههای کشور راهبری انتخاب تجهیزات این آزمایشگاه را برعهده داشته اند و در حال حاضر فرایند خرید تجهیزات آن در حال انجام است.