اما داستان مخالفت شاه با مجلس اول از همان ابتدای تاجگذاری محمدعلی میرزای قاجار و عدم دعوت از نمایندگان آغاز شد.مجلس اول در همین دوران بودجه کشور را اصلاح و تعدیل كرد، درایران بانک ملی به وجود آورد، مستمری‌های نزدیکان شاه را محدود کرد و حتی برای خود شاه مستمری متناسب برقرار ساخت. این کار خشم و مخالفت شاه را نسبت به مجلس شدیدتر کرد. مخالفان مشروطه، به تحریک او در میدان توپخانه تهران جمع شدند، تظاهرات و غوغا بالا گرفت و مجلس و مشروطه‌خواهان مورد تهدید اشرار واقع شدند اما با مقاومت مجلس و پافشاری طرفداران مشروطه، شاه ناچار به تسلیم شد و این فتنه که در پاییز سال۱۲۸۶ ایجاد شد به قول مورخان یک کودتای عظیم بود که بدون حادثه شدیدخاتمه یافت. حادثه‌ای که آن را کودتای اول یا کودتای توپخانه نام نهاده‌اند.
چندی بعد در اسفند سال ۱۲۸۶ به خاطر بمبی که اتومبیل شاه را هدف ساخت و آسیبی هم به او نرساند، شاه به بستن و انهدام مجلس مصمم شد. بعضی از درباریان وحتی علمای مخالف مشروطه هم او را در اجرای این خیال تایید و تشویق کردند. او مشیرالسلطنه را که فردی نزدیک به دربار بود به صدراعظمی منصوب ساخت. در 22 جمادی الاول 1326 هجری قمری، محمد علی شاه با صدور اعلامیه‌ای چگونگی انتخاب نمایندگان مجلس و رفتار مجلسیان را مغایر اصول مشروطه‌خواهی دانست و دستور داد که مجلس به منظور رفع نقایص به مدت سه ماه تعطیل شود. این درخواست با عدم موافقت مجلسیان مواجه شد؛ با این حال یک روز بعد و به دنبال دیدار لیاخوف با شاه و دستور شاه مبنی بر به توپ بستن مجلس، جنگ تن‌به‌تن میان بریگاد قزاق و ده‌ها مجاهد مسلح محافظ ساختمان مجلس آغاز شد. نگاهی به وضعیت مدافعان مشروطه نشان می‌دهد که در تهران حدود ۶۰۰ تفنگدار حامى مشروطه زیرنظر چند افسر قزاقخانه تعلیم دیده بودند و آماده دفاع از مجلس بودند. برخى از این تعلیم‌دیدگان از روز دوم تیر در ساختمان‌هاى اطراف مجلس و در پشت بام‌هاى حوالى میدان بهارستان سنگر گرفته بودند. از این عده شب‌ها حدود ۷۰ نفر مى‌ماندند، بقیه به خانه‌هاى خود مى‌رفتند و روزى که درگیرى آغاز شد، تعداد مدافعان از این هم کمتر بود.
به روایت کسروی روز سه‌شنبه دوم تیردر تاریخ مشروطه یک روز بى‌مانند بود، کشاکش آزادیخواهى و خودکامگى که از دو سال قبل در میان بود، امروز رویه جنگ و خونریزى به خود گرفت و مشروطه و مجلس پس از دو سال ایستادگى از پا افتاد. محمدعلى شاه از بعدازظهر همین روز براى نشان دادن ضرب شست آرام و قرار نداشت. ساعت هشت شب (شب سوم تیر) لیاخوف سرکرده قزاقان روس را در باغ شاه به حضور پذیرفت و دستور حمله به مجلس و مجلسیان را صادر کرد. لیاخوف نیز پس از بازگشت از حضور شاه سرکردگان قزاق‌ها را احضار کرد و حدود نیمه شب بود که یک گروه ۱۲۰ نفرى قزاق مامور شدند صبح فردا با چهار عراده توپ، مجلس و مسجد سپهسالار را به تصرف خود درآورند. از سوى دیگر آزاديخواهان و اهل مجلس که از این سوء‌قصدها آگاه شده بودند، پشت درهاى مسجد و مجلس، حتى در گلدسته‌ها و پشت بام‌ها سنگر گرفتند.
لیاخوف در آغاز مى‌پنداشت که مجلسیان و هواداران آزادى بدون هیچ درگیرى تسلیم خواهند شد، ولى وقتى خبر مقاومت آن‌ها و عقب نشینى نیروى 120 نفرى خود را شنید، به‌شخصه با 250 قزاق سواره و 25 پیاده و تعدادى توپ دیگر به بهارستان رفت و پس از ایجاد استحکامات و سنگرهاى لازم و صدور فرمان آتش، خود به اتفاق 6 نفر از فرماندهان قزاق با درشکه عازم باغ شاه شد تا گزارش ماموریتش را به شاه بدهد. پس از بازگشت از حضور شاه با شنیدن اخبار درگیرى‌هاى پراکنده، شتاب‌زده خود را به میدان رساند. توپ‌هاى تازه‌اى هم از باغ شاه آوردند. آنگاه لیاخوف فرمان داد تا از چپ و راست مجلس و مسجد را هدف قرار دهند. مجلس به توپ بسته شد. حدود یک ساعت پس از این حمله، مجاهدان و مجلسیان از پاى درآمدند و طعم شکست را چشیدند. گروهى کشته و زخمى شدند، گروهى گریختند، گروهى هم تسلیم شدند. بر اساس برآورد انگلیسی‌ها نزدیک به 250 نفر در درگیری‌های تهران به دنبال به توپ بسته شدن مجلس توسط کلنل لیاخوف روسی و به دستور محمدعلی‌شاه قاجار کشته شدند. به گفته ناظم‌الاسلام کرمانی در روز کودتا بسیاری از عوام با قزاق‌ها همراه شدند و جمعیت، بسیاری از انجمن‌های مشروطه‌خواهان، تلگرافخانه و منازل مشروطه‌خواهان را غارت کردند. ملک‌الشعرای بهار که خود در این روزها در تهران حضور داشته، در خصوص نقش طبقات اجتماعی در آغاز استبداد صغیر می‌نویسد «در این جریانات طبقه بالا و پایین از استبداد پشتیبانی کردند. تنها طبقه متوسط بود که به انقلاب وفادار باقی ماند».
شاه بعد از شکست مشروطه‌خواهان در مجلس کلنل لیاخوف روسی را به فرمانداری نظامی تهران گمارد و هرگونه تجمع از جمله مراسم عزاداری را ممنوع کرد. بسیاری از سران مشروطه که موفق به فرار نشده بودند توسط قزاق‌ها بازداشت شدند. سرشناس‌ترین آن‌ها میرزا جهانگیرخان صوراسرافیل و ملک‌المتکلمین دو روزنامه‌نگار برجسته عهد مشروطه در باغشاه به دستور محمدعلی میرزا خفه شدند. قاضی قزوینی و سردبیر مجله روح‌القدس مسموم شده و کشته شدند. سید حاجی آقا نماینده مردم تبریز هنگام فرار کشته شد و غلام یحیی اسکندری زیر شکنجه از پای در آمد. او پدر ایرج اسکندری بود که بعدها به رهبری حزب توده ایران رسید.
همچنین آیت‌ا... طباطبایی و آیت‌ا... بهبهانی در حبس خانگی قرار گرفتند. فقط انجمن آذربایجانیان تا حدود ظهر مقاومت می‌کرد. هنگام ظهر تیراندازى آن‌ها هم قطع شد. خواهرزاده میرزا جهانگیرخان هم در این روز به شهادت رسید. بهبهانى و طباطبایى با یاران‌شان از راه حفره‌اى که در دیوار مجلس ایجاد شده بود، گریختند و به قصد رفتن به آرامگاه حضرت عبدالعظیم(ع) به پارک امین‌الدوله پناه بردند. میرزا جهانگیرخان، ملک المتکلمین، قاضى ارداقى و برادرش هم همراه آنان بودند. میرزا جهانگیرخان صوراسرافیل و میرزانصرا...خان ملک المتکلمین را در باغ شاه خفه کردند. مامونتوف وقایع نگار روس نوشته است این دو نفر را به باغ بردند و پهلوى فواره نگاه داشتند.
دو دژخیم که مامور قتل آن‌ها بودند طناب به گردن آن‌ها انداختند و از دو سو کشیدند تا خفه شدند و خون از دهان‌شان بیرون زد و در همین حال دژخیم سوم خنجر به سینه و شکم آن‌ها فرو مى کرد.برادر قاضى گفته است «چون اندکى گذشت، دو نفر فراش براى بردن ملک و میرزا جهانگیرخان آمدند و ایشان را از قطار بیرون آورده به گردن هر یک زنجیر دستى (شکارى) زده و گفتند: «برخیزید بیایید!» گویا هر دو دانستند که براى کشتن مى برندشان. ملک‌المتکلمین دم در با آواز دلکش و بلند خود این شعر را خواند: ما بارگه دادیم این رفت ستم بر ما/بر بارگه عدوان آیا چه رسد خذلان. این را خوانده پا از در بیرون گذاشت. ما همگى اندوهگین گردیدیم و این اندوه چند برابر شد. هنگامى که دیدیم آن دو فراش زنجیرهایى را که به گردن ملک و میرزاجهانگیرخان زده و ایشان را برده بودند برگردانیده در جلو اتاق به روى دیگر زنجیرها انداختند و ما بى‌گمان شدیم که کار آن بیچارگان به پایان رسیده است».
با این حال این دوره استبداد یک سال به طول نینجامید و مدت کوتاهی بعد از به توپ بسته شدن مجلس قیام تبریز به رهبری ستارخان و باقرخان در حمایت از مشروطه شروع شد. محمدعلی شاه برای سرکوب قیام، سپاهی به فرماندهی عین‌الدوله به تبریز فرستاد و جنگ 10 ماه طول کشید. عین‌الدوله به کمک خوانین محلی طرفدار دولت شهر را محاصره کرد و باعث قحطی شدید در شهر شد. با طولانی شدن جنگ در تبریز، قیام به اصفهان، رشت و مشهد کشیده شد. در گیلان آزادیخواهان رشت را تصرف کردند و خان‌های بختیاری حکومت اصفهان را به دست گرفتند و در نقاط دیگر نیز بسیاری از شهرها به دست مشروطه‌خواهان افتاد. در نهایت قوای مجاهدان و مشروطه‌خواه از گیلان و مازندران به رهبری عبدالحسین سردار محی و محمدولی خان تنکابنی و از اصفهان نیروهای بختیاری به فرماندهی علی‌قلی خان سردار اسعد بختیاری به تهران حمله کردند. پس از سقوط پایتخت محمدشاه از سلطنت خلع و به سفارت روسیه پناهنده شد و سپس از آنجا به خارج از کشور تبعید و فرزند وی احمدشاه در سن 12 سالگی به سلطنت رسید.
