آبسه مغز تورم پر از چرک در مغز ناشی از یک عفونت است یعنی باکتری ها و قارچ ها وارد بافت مغز می شوند. ومعمولا از طریق عفونت در بخشی از جمجمه از جمله عفونت گوش ، سینوزیت یا آبسه دندان به طور مستقیم به مغز وارد می شود.عفونت در بخشی از بدن ، مانند عفونت ریه، گسترش به مغز از طریق خون و آسیب شدید به سر باعث ایجاد شکاف به جمجه می شود و از طریق شکاف وارد مغز می شود.